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  1. intuitive voxel-based lesion symptom mapping (iVLSM) toolbox
  2. intuitive resting state functional connectivity (iRSFC) toolbox (7)

About iVLSM

  • iVLSM는 intuitive voxel-based lesion symptom mapping의 약자 입니다.

  • 가장 간단한 방법으로 병변과 증상간의 관계를 연구 할 수 있는 Matlab 기반의 툴박스 입니다.

  • 복셀 기반의 병변을 Overlap하고 병증과의 관계를 연구 할 수 있는 프로그램들을 이미 여러개가 있습니다. 하지만, 기능이 복잡하거나 사용 방법이 사용자에게 친숙하지 않기 때문에 연구하기에 제약도 많이 있습니다.

  • iVLSM toolbox를 구동하기 위해서는 SPM12 툴박스를 미리 다운로드 받고 Matlab에서 Set Path를 설정해야 합니다.

Functionality

  • Overlap of lesions: 개별 데이터에 병변을 ROI로 그렸다면, 해당 ROI들의 overlay map을 생성해 주는 기능을 수행합니다.

  • Lesion-symptom mapping: 각 볼셀별로 병변이 있는 환자들과 병변이 없는 환자들을 나누고, 여러가지 임상 척도가 연구자가 나누어진 그룹 간에 통계적으로 유의미한 차이가 있는지 통계분석을 수행하는 기능을 제공합니다. 제공되는 통계방법으로는 Independent sample t-test와 Mann-Whitney U test가 있습니다. 적절한 통계 방법을 선택해서 연구를 수행하시면 됩니다.

Download

  • 아래의 링크에서 간단한 설문에 응답해 주시면 다운로드 링크를 보실 수 있습니다.

  • 어떤 연구자들이 주로 프로그램을 사용하는지 알기 위한 설문이지, 최대한 성의것 응답해 주시면 추후에 프로그램을 업데이트 하는데 큰 도움이 될것 같습니다.

  • 깃허브Github 다운로드: https://github.com/skyeong/iVLSM

Hands-on Exercise


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About iRSFC

  • iRSFC는 intuitive resting-state functional connectivity의 약자 입니다.

  • 가장 간단한 방법으로 휴자상태 뇌기능 연결성을 분석 할 수 있는 Matlab 기반의 툴박스 입니다.

  • 기능 뇌네트워크를 분석할 수 있는 프로그램들을 이미 많이 있습니다. 하지만, 너무 많은 기능이 들어 있어서 사용하기가 쉽지 않고 기존에 Event-related fMRI (ER-fMRI) 연구를 하시던 분들이 사용하시게에 생소한 부분들이 많이 있습니다. iRSFC는 ER-fMRI 연구를 하셨던 분들이 쉽게 사용할 수 있도록 디자인한 프로그램입니다. 

  • iRSFC toolbox를 구동하기 위해서는 SPM 툴박스를 미리 다운로드 받고 Matlab에서 Set Path를 설정해야 합니다.

Functionality

  • Seed ROI based functional connectivity analysis: seed로 설정한 뇌영역과 다른 모든 뇌영역간의 functional connectivity를 계산해서 zmap으로 저장하는 기능을 수항햅니다. 이후 분석은 SPM의 [Specify 2nd-level] 메뉴를 통해서 진행하면 됩니다.

  • Network analysis among ROIs: 연구자가 설정한 ROI 영역들간의 기능 연결성을 모두 계산해서 결과를 Comma Separated Values 의 형태로 저장하는 기능을 수행합니다. 이후에 분석은 SPSS 등으로 수행 가능합니다.

Download

  • 아래의 링크에서 간단한 설문에 응답해 주시면 다운로드 링크를 보실 수 있습니다.

  • 어떤 연구자들이 주로 프로그램을 사용하는지 알기 위한 설문이지, 최대한 성의것 응답해 주시면 추후에 프로그램을 업데이트 하는데 큰 도움이 될것 같습니다.

  • 깃허브Github 다운로드 링크: https://github.com/skyeong/iRSFC

Hands-on Exercise

  • 아래의 링크에 있는 메뉴얼을 다운로드 받아서 따라해 보세요^^

  • 다운로드 링크: slideshare

iRSFC Workshop Info

  1.  Sunghyon Kyeong, 'Hands-on workshop on intuitive Resting-State Functional Connectivity (iRSFC)', Department of Psychiatry, Chonbuk National University Hospital, 9 January, 2015. 
    (1) theoretical background on fMRI BOLD signal (40 min.) 
    (2) Hands-on exercise for fMRI preprocessing (60 min.) 
    (3) Hands-on exercise for iRSFC toolbox (90 min.) 
    (4) Multiple comparison issues and AlphaSim correction (20 min.)





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