spm125 Voxel size determination through the MonteCarlo Simulation in AFNI 뇌영상을 이용한 뇌과학 연구는 대부분 다음과 같은 질문에 답하는 것이다.3차원의 뇌에 어떤 영역이 활성화 되었는지? 특정 영역의 시계열 데이터와 상관성이 높게 나오는 뇌영역은 어디인지? 생물정보학에서 다루는 Microarray 데이터도 마찬가지 이지만, 뇌영상 데이터도 multiple comparison에서 발생하는 false positive를 조절하는 방법에 대해서다양한 해법들이 있다. 가령, false discovery rate (FDR) 또는 family-wire error rate (FWE) 등이 전통적으로 가장 많이 이용되어 왔던 multiple comparison correction 방법들이다. 뇌영상 데이터는 특정 복셀에서 통계적으로 유의미한 차이를 보인다고 했을때 "아, 이 볼셀에서 통계적.. 2015. 1. 7. AFNI에서 ROI 만들기. 기능 뇌영상 연구에서는 특정한 관심 영역(Region of Interest, ROI)를 설정하고, 해당 ROI에 대한 시계열 데이터를 추출해서 분석을 해야 하는 경우가 많이 있습니다. AFNI를 통해서 ROI를 그리는 방법에 대해서 잘 설명되어 있는 영문 포스트가 있어서 이곳에 한글로 옮깁니다. Afni 프로그램은 리눅스나 매킨토시 계열의 컴퓨터에서 작동하는 프로그램으로, 프로그램을 설치하고 쉘Shell에서 PATH 설정을 제대로 했다면, @GetAfniBin 명령어를 통해서 Afni가 설치되어 있는 경로를 return 받을 수 있습니다. 이제 중심 좌표의 위치가 (x=23,y=21,z=-6.5 in talairach coordinate)이고 반지름이 3mm인 왼쪽 hippocampus 영역의 일부 영역.. 2014. 9. 24. Data Analysis (3): Flip Neuroimaging Data 병변Lesion이 있는 환자의 뇌영상을 분석할 때, 종종 영상의 좌-우를 반전Flip이 필요한 경우가 있습니다. 가령, Stroke으로 인해 운동영역에 손상을 입은 환자의 병변을 overlay 하는 연구를 진행한다고 했을때, 가장 좋은 방법은 병변이 한쪽으로 몰려 있는 환자들만을 피험자로 선정하여 연구를 진행하면 좋습니다. 하지만, 모든 뇌졸중 환자들이 천편일률적으로 오른쪽 대뇌 피질의 운동영역에 손상이 오지 않습니다. 어떤 환자는 왼쪽 운동영역에 손상이 오기도 하고, 어떤 환자는 오른쪽 운동영역에 손상이 오기도 합니다. 이럴때는, 피험자의 숫자가 적은 쪽의 뇌영상 데이터를 좌-우 Flip하여 병변이 한쪽인것처럼 맞춘 후에 통계분석을 하게 됩니다. 이러한 경우가 아니더라도, 뇌영상 데이터를 처리하는 과정.. 2014. 4. 30. Data Analysis (1): Neuroimaging Data loading using SPM8 toolbox 일반적인 데이터 분석에 관련된 기술을 포스팅하고 싶었지만, 데이터 분석은 data specific한 부분들이 있기 때문에 일반적인 데이터 분석 및 시각화 기법에 대한 강의는 어려울것 같고, 뇌영상 데이터와 트위터 데이터 수집 및 분석과 관련된 포스팅을 연재하고자 합니다. 일단 뇌영상 데이터 분석 기법으로 강의를 시작하는 이유는 최근 5년 동안 제가 연구해온 분야로 expert까지는 아니어도 intermediate 이상의 실력은 된다고 생각하고 있기에, 지금까지 습득한 노하우를 관련 분야에 계신 분들께 나누고 싶은 생각이 들었습니다. 뇌영상 분석에 사용되는 툴은 여러가지가 있지만, 보통은 MATLAB 기반의 SPM8, linux 기반에서 작동하는 AFNI 또는 FSL 등이 가장 많이 이용되고 있습니다.어떤.. 2014. 1. 26. 소아 ADHD에서 나타나는 비정상적인 기능적 연결성 This posting is based on the journal review "Abnormal Functional Connectivity in Children with Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder by Dardo Tomasi and Nora D. Volkow."주의력결핍및과잉행동장애(Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder, ADHD)는 다음과 같은 특징을 보인다.주의력 결핍과 과잉/충동적인 행동 양상일 보인다.동기부여 장애가 동반된다는 인식이 증가되고 있다.뇌의 도파민 신경전달물질 분비에 손상이 있다.ADHD는 PET연구에서 reward-motivation pathway (midbrain, caudate, and ventra.. 2013. 6. 3. 이전 1 다음