smoothness estimation in SPM and AFNI

Smoothness estimation은 MonteCarlo simulation을 위해서 반드시 필요한 과정입니다.

SPM으로 영상 데이터를 분석했다면, SPM.mat 파일의 Field 값을 확인함으로써 smoothness를 확인할 수 있습니다.

>>load SPM;                 % SPM 결과 파일이 저장된 폴더에서 실행
>>M      = SPM.xVol.M;      % 변환행렬 정보를 가져옴
>>VOX    = abs(diag(M));    % 대각행렬 정보가 볼셀 사이즈
>>FWHM   = SPM.xVol.FWHM;   % FWHM in voxel unit
>>FWHMmm = FWHM.*VOX(1:3)'; % FWHM in mm unit
>>disp(FWHMmm); 

SPM에서 Gaussian random field theory를 기반으로 smoothness를 estimation하고, 이것은 spm_est_smoothness을 통해서 계산됩니다. 

위의 과정을 통해서 확인한 FWHMmm 정보는 AFNI의 3dFWHMx의 명령어를 통해서 estimation한 smoothness와 완전히 동일하지는 않지만, 비슷한 수준의 값이 나와야 합니다. AFNI가 설치되어 있다면 다음과 같이 실행해 보세요. 

~>3dFWHMx -mask mask.hdr -input ResMS.hdr      % SPM 결과 파일이 저장된 폴더에서 실행

여기서 얻은 smoothness를 기반으로 MonteCarlo simulation을 시행하면, 이것이 AlphaSim-corrected p-value가 됩니다.

관련 글은 다음의 링크에서도 확인이 가능합니다.
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=spm;bb3ad6d.1308