neuroimaging5 intuitive voxel-based lesion symptom mapping (iVLSM) toolbox About iVLSM iVLSM는 intuitive voxel-based lesion symptom mapping의 약자 입니다.가장 간단한 방법으로 병변과 증상간의 관계를 연구 할 수 있는 Matlab 기반의 툴박스 입니다.복셀 기반의 병변을 Overlap하고 병증과의 관계를 연구 할 수 있는 프로그램들을 이미 여러개가 있습니다. 하지만, 기능이 복잡하거나 사용 방법이 사용자에게 친숙하지 않기 때문에 연구하기에 제약도 많이 있습니다.iVLSM toolbox를 구동하기 위해서는 SPM12 툴박스를 미리 다운로드 받고 Matlab에서 Set Path를 설정해야 합니다.FunctionalityOverlap of lesions: 개별 데이터에 병변을 ROI로 그렸다면, 해당 ROI들의 overlay map을 .. 2015. 4. 15. Contrasts in Neuroimaging Data Anlaysis SPM 등의 뇌영상 데이터 분석 툴을 이용한 뇌영상 데이터의 분석은 기본적으로 각 복셀의 영상에 할당된 데이터 값을 일반 선형 모델 (General Linear Model, GLM)을 이용하여 모델링하고, 실제 데이터와 모델이 얼마나 잘 맞는지 통계적으로 테스트 하는 것이다. 특정 복셀 $i$에 대해서 $Y_{i} = XB_i + E_i$로 모델링 했을때 $X$는 디자인 행렬이되고, 벡터 $B_i$는 분석을 통해서 추정되는 파라미터이며, $E_i$는 에러를 의미한다. 이때 contrast는 $c'B$를 통해서 계산된다. 뇌영상 데이터에서 $c$는 보통 행벡터(column vector)를 의미하고, $c$를 통해서 다양한 contrasts로 결과를 확인할 수 있다. 벡터 $c$는 contrasts의 가중치.. 2015. 3. 15. Slice Timing Correction 하나의 3차원 뇌영상 데이터는 여러개의 단면영상(Slice Image)으로 구성되어 있다. 기능자기공명영상(functional magnetic resonance imaging, fMRI)의 경우에는 보통 매2초마다 하나의 3차원 볼륨 영상을 획득하게 된다. 다시 말해서 2초동안 여러개의 단면영상을 획득하게 되는데, 그중에서 제일 처음에 획득한 단면영상과 맨 마지막에 획득한 단면영상 간에는 최고 2초 정도의 시간 차이가 발생하게 된다. 이러한 시간 차이를 보정해 주는 것이 Slice timing correction이라 물리는 전처리 과정이다. SPM의 경우에 slice timing correction 을 적용하게 되면 'a'를 어두로 하는 새로운 뇌영상 파일이 생성된다. 단면영상의 순서(slice orde.. 2015. 2. 12. TCI & Functional Modular Organisation 논문 수락 후기 뇌과학 분야에서 출판한 첫 논문이기에 꼭 후기를 남기고 싶었다. 물리학 분야에서 첫 논문이 출판되었을때 후기를 썼던 것 처럼... 논문의 Manuscript가 대략적으로 완성된 시점은 2012년 12월 쯤으로 기억한다. 데이터 획득부터, 뇌영상 데이터의 분석, 그리고 논문 작성의 전체 과정에 직접 참여했기 때문에 나에게 의미가 더욱 각별하게 느껴지는 논문이다. 이번 연구는 "기질Temperament에 따라서 뇌네트워크의 연결성이 다르게 나타나고 그로 인해서 서로 다른 모듈 구조를 갖는다"는 것을 주요 결과로 하고 있으며, 논문 초안의 제목은 으로 정했다. 인성의 외향성은 기질의 위험회피 척도와 자극추구 척도로 구분하는 것이 무리일 수도 있다는 것은 어느정도 예상했고, 특히 성격심리학자들이 보기에는 완전 .. 2014. 7. 19. Data Analysis (1): Neuroimaging Data loading using SPM8 toolbox 일반적인 데이터 분석에 관련된 기술을 포스팅하고 싶었지만, 데이터 분석은 data specific한 부분들이 있기 때문에 일반적인 데이터 분석 및 시각화 기법에 대한 강의는 어려울것 같고, 뇌영상 데이터와 트위터 데이터 수집 및 분석과 관련된 포스팅을 연재하고자 합니다. 일단 뇌영상 데이터 분석 기법으로 강의를 시작하는 이유는 최근 5년 동안 제가 연구해온 분야로 expert까지는 아니어도 intermediate 이상의 실력은 된다고 생각하고 있기에, 지금까지 습득한 노하우를 관련 분야에 계신 분들께 나누고 싶은 생각이 들었습니다. 뇌영상 분석에 사용되는 툴은 여러가지가 있지만, 보통은 MATLAB 기반의 SPM8, linux 기반에서 작동하는 AFNI 또는 FSL 등이 가장 많이 이용되고 있습니다.어떤.. 2014. 1. 26. 이전 1 다음 728x90
