spm88 뇌영상 데이터 분석 - Create Brain Mask MATLAB을 이용하여 뇌영상 데이터를 분석하다 보면, 뇌영역에 해당되는 부분의 마스크Mask를 만들어야 하는 경우가 있습니다. 이러한 경우에는 뇌영상 데이터 분석 - Matlab Index scheme 강의에서 처럼 MATLAB의 index 기능을 이용하면 회색질, 백색질, 뇌척수액 등에 해당되는 뇌 영역을 indices 값을 얻을 수 있고, 각각의 인덱스 값의 합집합을 이용하면 전체 뇌영역에 해당되는 마스크Mask를 얻을 수 있습니다.위에 그림은 회색질(Grey Matter, GM), 백질(White Matter, WM), 뇌척수액(Cerebro-spinal Fluid, CSF)의 3차원 공간에서의 확률 분포를 보여주고 있습니다. 각각의 영상은 SPM (Statistical Parametric Map.. 2015. 7. 10. 뇌영상 데이터 분석 - Matlab Index scheme 매틀랩으로 데이터 분석을 하다보면 find() 명령어를 통해서 특정 index를 찾고, 해당되는 index 값에 대해서만 여러 연산을 수행하는 과정이 필요합니다. 매틀랩에서 행렬을 생성하게 되면 아래의 그림과 같이 Subscript space에서는 A(1,1) 또는 A(1,2) 등의 과정을 통해서 행렬의 각 요소에 있는 값을 얻어올 수 있습니다. 하지만, Subscript space에서 Index space로 변환을 하게 되면 A(1,1)은 A(1)로 접근이 가능하고, A(1,2)는 A(11)을 통해서도 행렬의 값을 얻을 수 있습니다. 가령 아래와 같은 10x20의 행렬 A를 생각해 보겠습니다. 숫자는 행렬의 index를 의미하는 것이고 색깔은 행렬 요소의 값을 의미합니다. 파란색은 0이고 빨간색은 1을.. 2015. 6. 25. Contrasts in Neuroimaging Data Anlaysis SPM 등의 뇌영상 데이터 분석 툴을 이용한 뇌영상 데이터의 분석은 기본적으로 각 복셀의 영상에 할당된 데이터 값을 일반 선형 모델 (General Linear Model, GLM)을 이용하여 모델링하고, 실제 데이터와 모델이 얼마나 잘 맞는지 통계적으로 테스트 하는 것이다. 특정 복셀 $i$에 대해서 $Y_{i} = XB_i + E_i$로 모델링 했을때 $X$는 디자인 행렬이되고, 벡터 $B_i$는 분석을 통해서 추정되는 파라미터이며, $E_i$는 에러를 의미한다. 이때 contrast는 $c'B$를 통해서 계산된다. 뇌영상 데이터에서 $c$는 보통 행벡터(column vector)를 의미하고, $c$를 통해서 다양한 contrasts로 결과를 확인할 수 있다. 벡터 $c$는 contrasts의 가중치.. 2015. 3. 15. Voxel size determination through the MonteCarlo Simulation in AFNI 뇌영상을 이용한 뇌과학 연구는 대부분 다음과 같은 질문에 답하는 것이다.3차원의 뇌에 어떤 영역이 활성화 되었는지? 특정 영역의 시계열 데이터와 상관성이 높게 나오는 뇌영역은 어디인지? 생물정보학에서 다루는 Microarray 데이터도 마찬가지 이지만, 뇌영상 데이터도 multiple comparison에서 발생하는 false positive를 조절하는 방법에 대해서다양한 해법들이 있다. 가령, false discovery rate (FDR) 또는 family-wire error rate (FWE) 등이 전통적으로 가장 많이 이용되어 왔던 multiple comparison correction 방법들이다. 뇌영상 데이터는 특정 복셀에서 통계적으로 유의미한 차이를 보인다고 했을때 "아, 이 볼셀에서 통계적.. 2015. 1. 7. AFNI에서 ROI 만들기. 기능 뇌영상 연구에서는 특정한 관심 영역(Region of Interest, ROI)를 설정하고, 해당 ROI에 대한 시계열 데이터를 추출해서 분석을 해야 하는 경우가 많이 있습니다. AFNI를 통해서 ROI를 그리는 방법에 대해서 잘 설명되어 있는 영문 포스트가 있어서 이곳에 한글로 옮깁니다. Afni 프로그램은 리눅스나 매킨토시 계열의 컴퓨터에서 작동하는 프로그램으로, 프로그램을 설치하고 쉘Shell에서 PATH 설정을 제대로 했다면, @GetAfniBin 명령어를 통해서 Afni가 설치되어 있는 경로를 return 받을 수 있습니다. 이제 중심 좌표의 위치가 (x=23,y=21,z=-6.5 in talairach coordinate)이고 반지름이 3mm인 왼쪽 hippocampus 영역의 일부 영역.. 2014. 9. 24. Data Analysis (3): Flip Neuroimaging Data 병변Lesion이 있는 환자의 뇌영상을 분석할 때, 종종 영상의 좌-우를 반전Flip이 필요한 경우가 있습니다. 가령, Stroke으로 인해 운동영역에 손상을 입은 환자의 병변을 overlay 하는 연구를 진행한다고 했을때, 가장 좋은 방법은 병변이 한쪽으로 몰려 있는 환자들만을 피험자로 선정하여 연구를 진행하면 좋습니다. 하지만, 모든 뇌졸중 환자들이 천편일률적으로 오른쪽 대뇌 피질의 운동영역에 손상이 오지 않습니다. 어떤 환자는 왼쪽 운동영역에 손상이 오기도 하고, 어떤 환자는 오른쪽 운동영역에 손상이 오기도 합니다. 이럴때는, 피험자의 숫자가 적은 쪽의 뇌영상 데이터를 좌-우 Flip하여 병변이 한쪽인것처럼 맞춘 후에 통계분석을 하게 됩니다. 이러한 경우가 아니더라도, 뇌영상 데이터를 처리하는 과정.. 2014. 4. 30. 이전 1 2 다음 728x90
