Neuroscience for Mental Health

MATLAB을 이용하여 뇌영상 데이터를 분석하다 보면, 뇌영역에 해당되는 부분의 마스크Mask를 만들어야 하는 경우가 있습니다. 이러한 경우에는 뇌영상 데이터 분석 - Matlab Index scheme 강의에서 처럼 MATLAB의 index 기능을 이용하면 회색질, 백색질, 뇌척수액 등에 해당되는 뇌 영역을 indices 값을 얻을 수 있고, 각각의 인덱스 값의 합집합을 이용하면 전체 뇌영역에 해당되는 마스크Mask를 얻을 수 있습니다.위..

매틀랩으로 데이터 분석을 하다보면 find() 명령어를 통해서 특정 index를 찾고, 해당되는 index 값에 대해서만 여러 연산을 수행하는 과정이 필요합니다. 매틀랩에서 행렬을 생성하게 되면 아래의 그림과 같이 Subscript space에서는 A(1,1) 또는 A(1,2) 등의 과정을 통해서 행렬의 각 요소에 있는 값을 얻어올 수 있습니다. 하지만, Subscript space에서 Index space로 변환을 하게 되면 A(1,1)은 A(1)..

SPM 등의 뇌영상 데이터 분석 툴을 이용한 뇌영상 데이터의 분석은 기본적으로 각 복셀의 영상에 할당된 데이터 값을 일반 선형 모델 (General Linear Model, GLM)을 이용하여 모델링하고, 실제 데이터와 모델이 얼마나 잘 맞는지 통계적으로 테스트 하는 것이다. 특정 복셀 $i$에 대해서 $Y_{i} = XB_i + E_i$로 모델링 했을때 $X$는 디자인 행렬이되고, 벡터 $B_i$는 분석..

뇌영상을 이용한 뇌과학 연구는 대부분 다음과 같은 질문에 답하는 것이다.3차원의 뇌에 어떤 영역이 활성화 되었는지?  특정 영역의 시계열 데이터와 상관성이 높게 나오는 뇌영역은 어디인지? 생물정보학에서 다루는 Microarray 데이터도 마찬가지 이지만, 뇌영상 데이터도 multiple comparison에서 발생하는 false positive를 조절하는 방법에 대해서다양한 해법들이 있다. 가령, false discover..

기능 뇌영상 연구에서는 특정한 관심 영역(Region of Interest, ROI)를 설정하고, 해당 ROI에 대한 시계열 데이터를 추출해서 분석을 해야 하는 경우가 많이 있습니다. AFNI를 통해서 ROI를 그리는 방법에 대해서 잘 설명되어 있는 영문 포스트가 있어서 이곳에 한글로 옮깁니다. Afni 프로그램은 리눅스나 매킨토시 계열의 컴퓨터에서 작동하는 프로그램으로, 프로그램을 설치하고 쉘Shell에서 PATH 설정을 제대로 했다면, @GetA..

병변Lesion이 있는 환자의 뇌영상을 분석할 때, 종종 영상의 좌-우를 반전Flip이 필요한 경우가 있습니다. 가령, Stroke으로 인해 운동영역에 손상을 입은 환자의 병변을 overlay 하는 연구를 진행한다고 했을때, 가장 좋은 방법은 병변이 한쪽으로 몰려 있는 환자들만을 피험자로 선정하여 연구를 진행하면 좋습니다. 하지만, 모든 뇌졸중 환자들이 천편일률적으로 오른쪽 대뇌 피질의 운동영역에 손상이 오지 않습니다.&n..

일반적인 데이터 분석에 관련된 기술을 포스팅하고 싶었지만, 데이터 분석은 data specific한 부분들이 있기 때문에 일반적인 데이터 분석 및 시각화 기법에 대한 강의는 어려울것 같고, 뇌영상 데이터와 트위터 데이터 수집 및 분석과 관련된 포스팅을 연재하고자 합니다. 일단 뇌영상 데이터 분석 기법으로 강의를 시작하는 이유는 최근 5년 동안 제가 연구해온 분야로 expert까지는 아니어도 intermediate 이상의 실력은 된다고 생각하고 있기에..

This posting is based on the journal review "Abnormal Functional Connectivity in Children with Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder by Dardo Tomasi and Nora D. Volkow."주의력결핍및과잉행동장애(Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder, ADHD)는 다음과 같은 특징을 보인다.주의력 ..