AFNI에서 ROI 만들기.

기능 뇌영상 연구에서는 특정한 관심 영역(Region of Interest, ROI)를 설정하고, 해당 ROI에 대한 시계열 데이터를 추출해서 분석을 해야 하는 경우가 많이 있습니다. AFNI를 통해서 ROI를 그리는 방법에 대해서 잘 설명되어 있는 영문 포스트가 있어서 이곳에 한글로 옮깁니다.

Afni 프로그램은 리눅스나 매킨토시 계열의 컴퓨터에서 작동하는 프로그램으로, 프로그램을 설치하고 쉘Shell에서 PATH 설정을 제대로 했다면, @GetAfniBin 명령어를 통해서 Afni가 설치되어 있는 경로를 return 받을 수 있습니다. 

이제 중심 좌표의 위치가 (x=23,y=21,z=-6.5 in talairach coordinate)이고 반지름이 3mm인 왼쪽 hippocampus 영역의 일부 영역을 구Shpere 형태의 ROI로 만들고 싶다면, 다음의 명령어를 통해서 가능합니다.

3dcalc -a `@GetAfniBin`/TT_N27+tlrc.HEAD \ 
       -prefix ShpereROI \ 
       -expr 'step(3*3 - (x-23)*(x-23) - (y-21)*(y-21) - (z+6.5)*(z+6.5))'

아주 간단하죠?

TT_N27+tlrc는 Afni나 Caret 등에서 볼 수 있는 Talairach 표준 템플릿 입니다.