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수리연을 떠나기 직전에 참석하는 학회. 5년전. 2009년 7월. 그러니까 내가 물리학과 석사 졸업 직전에 폴란드에서는 Europhysics 2009 학회를 개최했었고, 나는 여기에서 Belle Collaboration을 대표하여 'b->s Hadronic Decays at Belle' 이란 주제로 발표를 할 수 있는 기회를 얻었다. 졸업 직전이라 어지간해서는 해외출장을 보내달라고 애원해도 쉽지 않을 일이었지만, 지도교수님의 추천으로 국제무대에서 발표할 수 있는 기회를 갖게 되었다. 첫 국제 학회였는데 구두발표여서 무척이나 긴장하며 발표 자료를 몇번이고 되새기며 연습했던 날이 기억난다. 그 후로 뇌과학으로 전공을 바꾸면서는 구두 발표를 하기가 좀처럼 쉽지 않았는데, 지도교수님의 영향이었던것 같기도 하고, 이쪽 분야를 공부하는 사람들의 전반적인.. 2014. 7. 14.
Data Analysis (3): Flip Neuroimaging Data 병변Lesion이 있는 환자의 뇌영상을 분석할 때, 종종 영상의 좌-우를 반전Flip이 필요한 경우가 있습니다. 가령, Stroke으로 인해 운동영역에 손상을 입은 환자의 병변을 overlay 하는 연구를 진행한다고 했을때, 가장 좋은 방법은 병변이 한쪽으로 몰려 있는 환자들만을 피험자로 선정하여 연구를 진행하면 좋습니다. 하지만, 모든 뇌졸중 환자들이 천편일률적으로 오른쪽 대뇌 피질의 운동영역에 손상이 오지 않습니다. 어떤 환자는 왼쪽 운동영역에 손상이 오기도 하고, 어떤 환자는 오른쪽 운동영역에 손상이 오기도 합니다. 이럴때는, 피험자의 숫자가 적은 쪽의 뇌영상 데이터를 좌-우 Flip하여 병변이 한쪽인것처럼 맞춘 후에 통계분석을 하게 됩니다. 이러한 경우가 아니더라도, 뇌영상 데이터를 처리하는 과정.. 2014. 4. 30.
Data Analysis (2): Graph Theoretical Analysis in R 수학에서의 그래프 이론(Graph Theory)과 물리학에서의 복잡계 네트워크(Complex Network)는 관련 전공자가 아닌 분야의 사람들에게는 비슷하게 느껴집니다. 저 또한 수학자도 아니고 물리학자도 아니기에 그래프 이론과 복잡계 네트워크를 혼용해서 사용합니다. 두 학문 분야의 전문가들이 보시기에는 다른 학문이으로 생각되겠지만, 그래프 이론이나 복잡계 네트워크에서 발견된 연구 결과물을 활용하는 연구자들에게는 '그게 그거 아닌가?' 라는 생각이 들기 마련인 것 같습니다. 저 또한 그래프 이론과 복잡계 네트워크라는 용어를 구분하지 않고 혼용해서 사용합니다. 그래프는 '점'과 '선'의 집합으로 구성되어 있습니다. 그래프에서 노드와 노드가 어떻게 연결되어 있는냐에 따라서 community를 이루기도 하지.. 2014. 4. 24.
Data Analysis (2): Linear Model in MATLAB Linear Regression이란 용어는 실험을 동반한 대부분의 연구에서 빠지지 않고 등장하는 개념입니다. 사실, 어려운 개념은 아니지만 통계학에 익숙하지 않은 (인문/사회 계열) 연구자들에게는 일단 거부감부터 안겨주는 골칫덩어리가 아닐까? 생각됩니다. 본 강좌는 "The Elements of Statistical Learning by Trevor Hastie, Rober Tibshirani, and Jerome Friedman"의 Chapter 3의 내용을 참고하여 작성했습니다. Linear Regression은 (1) 연구자가 설정한 모델이 실험 데이터를 얼마나 잘 설명하는가?를 확인하고 싶을때도 사용되고, (2) confounding 효과를 제거하기 위한 목적으로도 사용됩니다. 보통 General.. 2014. 1. 27.
Data Analysis (1): Neuroimaging Data loading using SPM8 toolbox 일반적인 데이터 분석에 관련된 기술을 포스팅하고 싶었지만, 데이터 분석은 data specific한 부분들이 있기 때문에 일반적인 데이터 분석 및 시각화 기법에 대한 강의는 어려울것 같고, 뇌영상 데이터와 트위터 데이터 수집 및 분석과 관련된 포스팅을 연재하고자 합니다. 일단 뇌영상 데이터 분석 기법으로 강의를 시작하는 이유는 최근 5년 동안 제가 연구해온 분야로 expert까지는 아니어도 intermediate 이상의 실력은 된다고 생각하고 있기에, 지금까지 습득한 노하우를 관련 분야에 계신 분들께 나누고 싶은 생각이 들었습니다. 뇌영상 분석에 사용되는 툴은 여러가지가 있지만, 보통은 MATLAB 기반의 SPM8, linux 기반에서 작동하는 AFNI 또는 FSL 등이 가장 많이 이용되고 있습니다.어떤.. 2014. 1. 26.
유니코드 변환 파이썬 프로그램 - convert to unicode (python program) 파이썬에서 한글을 다루다 보면, 인코딩에 대한 이슈를 그냥 지나칠 수 없다. 파이썬의 장점은 methods의 입력 데이터 형식을 지정하지 않아도 된다는 것이다. C/C++에 익숙했던 분들은 아주 생소하게 느껴질 수 있는 부분이다. 가령 덧셈 함수를 만든다고 하면, def sum(a,b): return a+b 로 간단하게 할 수 있다. 여기서 a, b는 정수, 실수 모두 가능하게 된다. 하지만, a와 b가 리스트list 또는 사전dict 형태의 데이터라면 어떻게 처리해야 할까? 리스트 형식의 데이터라면, 각 i 번째 element끼리 더해서 결과를 반환하도록 하면되고, 사전 형식의 데이터라면, 같은 key 값을 갖는 데이터끼리 더해서 결과를 반환하도록 하면 될 것이다. 이제 원래 이슈로 돌아가서, 입력 데.. 2013. 12. 16.
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