데이터과학/데이터 분석 실습39 Slice Timing Correction 하나의 3차원 뇌영상 데이터는 여러개의 단면영상(Slice Image)으로 구성되어 있다. 기능자기공명영상(functional magnetic resonance imaging, fMRI)의 경우에는 보통 매2초마다 하나의 3차원 볼륨 영상을 획득하게 된다. 다시 말해서 2초동안 여러개의 단면영상을 획득하게 되는데, 그중에서 제일 처음에 획득한 단면영상과 맨 마지막에 획득한 단면영상 간에는 최고 2초 정도의 시간 차이가 발생하게 된다. 이러한 시간 차이를 보정해 주는 것이 Slice timing correction이라 물리는 전처리 과정이다. SPM의 경우에 slice timing correction 을 적용하게 되면 'a'를 어두로 하는 새로운 뇌영상 파일이 생성된다. 단면영상의 순서(slice orde.. 2015. 2. 12. smoothness estimation in SPM and AFNI Smoothness estimation은 MonteCarlo simulation을 위해서 반드시 필요한 과정입니다. SPM으로 영상 데이터를 분석했다면, SPM.mat 파일의 Field 값을 확인함으로써 smoothness를 확인할 수 있습니다. >>load SPM; % SPM 결과 파일이 저장된 폴더에서 실행 >>M = SPM.xVol.M; % 변환행렬 정보를 가져옴 >>VOX = abs(diag(M)); % 대각행렬 정보가 볼셀 사이즈 >>FWHM = SPM.xVol.FWHM; % FWHM in voxel unit >>FWHMmm = FWHM.*VOX(1:3)'; % FWHM in mm unit >>disp(FWHMmm); SPM에서 Gaussian random field theory를 기반으로 sm.. 2015. 1. 23. Voxel size determination through the MonteCarlo Simulation in AFNI 뇌영상을 이용한 뇌과학 연구는 대부분 다음과 같은 질문에 답하는 것이다.3차원의 뇌에 어떤 영역이 활성화 되었는지? 특정 영역의 시계열 데이터와 상관성이 높게 나오는 뇌영역은 어디인지? 생물정보학에서 다루는 Microarray 데이터도 마찬가지 이지만, 뇌영상 데이터도 multiple comparison에서 발생하는 false positive를 조절하는 방법에 대해서다양한 해법들이 있다. 가령, false discovery rate (FDR) 또는 family-wire error rate (FWE) 등이 전통적으로 가장 많이 이용되어 왔던 multiple comparison correction 방법들이다. 뇌영상 데이터는 특정 복셀에서 통계적으로 유의미한 차이를 보인다고 했을때 "아, 이 볼셀에서 통계적.. 2015. 1. 7. AFNI에서 ROI 만들기. 기능 뇌영상 연구에서는 특정한 관심 영역(Region of Interest, ROI)를 설정하고, 해당 ROI에 대한 시계열 데이터를 추출해서 분석을 해야 하는 경우가 많이 있습니다. AFNI를 통해서 ROI를 그리는 방법에 대해서 잘 설명되어 있는 영문 포스트가 있어서 이곳에 한글로 옮깁니다. Afni 프로그램은 리눅스나 매킨토시 계열의 컴퓨터에서 작동하는 프로그램으로, 프로그램을 설치하고 쉘Shell에서 PATH 설정을 제대로 했다면, @GetAfniBin 명령어를 통해서 Afni가 설치되어 있는 경로를 return 받을 수 있습니다. 이제 중심 좌표의 위치가 (x=23,y=21,z=-6.5 in talairach coordinate)이고 반지름이 3mm인 왼쪽 hippocampus 영역의 일부 영역.. 2014. 9. 24. Data Analysis (3): Flip Neuroimaging Data 병변Lesion이 있는 환자의 뇌영상을 분석할 때, 종종 영상의 좌-우를 반전Flip이 필요한 경우가 있습니다. 가령, Stroke으로 인해 운동영역에 손상을 입은 환자의 병변을 overlay 하는 연구를 진행한다고 했을때, 가장 좋은 방법은 병변이 한쪽으로 몰려 있는 환자들만을 피험자로 선정하여 연구를 진행하면 좋습니다. 하지만, 모든 뇌졸중 환자들이 천편일률적으로 오른쪽 대뇌 피질의 운동영역에 손상이 오지 않습니다. 어떤 환자는 왼쪽 운동영역에 손상이 오기도 하고, 어떤 환자는 오른쪽 운동영역에 손상이 오기도 합니다. 이럴때는, 피험자의 숫자가 적은 쪽의 뇌영상 데이터를 좌-우 Flip하여 병변이 한쪽인것처럼 맞춘 후에 통계분석을 하게 됩니다. 이러한 경우가 아니더라도, 뇌영상 데이터를 처리하는 과정.. 2014. 4. 30. Data Analysis (2): Graph Theoretical Analysis in R 수학에서의 그래프 이론(Graph Theory)과 물리학에서의 복잡계 네트워크(Complex Network)는 관련 전공자가 아닌 분야의 사람들에게는 비슷하게 느껴집니다. 저 또한 수학자도 아니고 물리학자도 아니기에 그래프 이론과 복잡계 네트워크를 혼용해서 사용합니다. 두 학문 분야의 전문가들이 보시기에는 다른 학문이으로 생각되겠지만, 그래프 이론이나 복잡계 네트워크에서 발견된 연구 결과물을 활용하는 연구자들에게는 '그게 그거 아닌가?' 라는 생각이 들기 마련인 것 같습니다. 저 또한 그래프 이론과 복잡계 네트워크라는 용어를 구분하지 않고 혼용해서 사용합니다. 그래프는 '점'과 '선'의 집합으로 구성되어 있습니다. 그래프에서 노드와 노드가 어떻게 연결되어 있는냐에 따라서 community를 이루기도 하지.. 2014. 4. 24. 이전 1 2 3 4 5 6 7 다음 728x90
